院内SEは、病院などの医療機関に常駐して電子カルテシステムのメンテナンスなどを行うエンジニアです。（本記事では院内SEの業務詳細については触れませんのであしからず。）
院内SEは病院の常勤職員として雇用されるケースも多く、福利厚生などの待遇は院内のほかの職員と余り変わらない場合があります。医療機関の求人などを見ると、院内SEの年収はだいたい500万円前後になっていることが多いです。SE全体の平均年収は500万円から600万円前後と言われているため、院内SEはSEとしてほぼ平均的な収入を得ていることがわかります。一般企業で働くSEは、残業が多くなりがちです。
夜間や早朝などに仕事をしたり、徹夜で業務にあたったりするケースも多いため、企業で働くSEは時間外労働手当だけでもかなりの金額になることがあります。一方、院内SEは残業が少ない場合が多いです。大きなトラブルや大規模なシステムの移行などがない限り、夜中に仕事をしなければならないケースも院内SEは少ないと言えます。こういった働き方をする場合、時間外労働手当はさほど増えません。したがって、院内SEはほぼ規定通りの給与が毎月の収入となります。月々の収入が安定している点は、この職種の特徴のひとつと言えるでしょう。
フリーランスのSEの場合、働き方によって月ごとの収入が大きく変動するのが一般的です。医療機関の職員として働く院内SEには、このような傾向はありません。収入の波が少ない院内SEは、安定した働き方をしたい人や、ワークライフバランスを重視した働き方を希望する人に人気があります。